Velha Boipeba
Além dos atrativos naturais, Velha Boipeba possui uma arquitetura que expressa, no colorido e nas formas de suas casas, o bom gosto da população.
Além disso, há por toda parte o cultivo de flores ornamentando as fachadas.
Exemplo importante da arquitetura local é a Igreja do Divino Espírito Santo, uma edificação do século XVII, com altares neoclássicos e azulejos retratando temas bíblicos, marco da ocupação jesuítica.
Moreré
Situada no lado oriental da ilha, é uma das principais comunidades de pescadores de Boipeba, com atrativos de grande beleza paisagística.
Sua praia fica em frente a uma formação de recifes onde, durante a maré baixa, formam-se Piscinas Naturais.
Pode-se chegar a Moreré através de passeios de barco que incluem visitas às piscinas, através de caminhadas pela praia ou seguindo uma trilha pelo interior.
Cova da Onca
Também conhecida por São Sebastião, Cova da Onça é outra vila, situada ao sul da Ilha.
O nome vem da existência de uma pequena gruta, onde, segundo a lenda, há um esconderijo subterrâneo utilizado pelos jesuítas durante os ataques indígenas.
Nesse esconderijo, os jesuítas teriam deixado uma imagem de São Sebastião, padroeiro do local.
O povoado pode ser visitado através de trilhas de três horas que passam pela Mata do Serrão ou pelo povoado de Monte Alegre.